A teológiai doktorátust 1948-ban szerezte meg. 1948-ban visszatért Lengyelországba és különböző krakkói plébániákon, illetve egyetemi lelkészként szolgált. 1951-től folytatta filozófiai és teológiai tanulmányait, majd az erkölcsteológia és az etika professzora lett a krakkói szemináriumban és a lublini egyetem teológiai karán.
1958. július 4-én XII. Pius pápa krakkói segédpüspöknek nevezte ki. Püspökké szentelésére szeptember 28-án került sor a krakkói Wawel-székesegyházban. Püspöki jelmondatát később pápaként is megtartotta: Totus Tuus (Egészen a Tiéd). 1964 januárjában VI. Pál pápa kinevezte Krakkó érsekévé, majd 1967. június 26-án bíborossá kreálta.
I. János Pál halála után, 1978. október 16-án választották pápává. Elődei iránti tiszteletből a II. János Pál nevet választotta. Október 22-én a Szent Péter téren mutatta be székfoglaló szentmiséjét. Homíliájában hangzott el a híres „Ne féljetek!” felszólítás.
II. János Pál volt a 264. az egyházfők sorában, 455 év óta az első nem olasz pápa, az első szláv pápa. Közel 27 éves pontifikátusa az egyik leghosszabb a történelemben. Az Egyházat imádsággal és gondoskodással vezette, minden megjelenését a derű és a remény hatotta át. Minden elődjénél több egyházi és állami vezetővel találkozott. II. János Pál pápaságának meghatározó momentuma volt a más vallásokkal való párbeszéd. A pápák közül elsőként ő lépett be zsinagógába 1986-ban. Hívására a világvallások vezetői több alkalommal találkoztak Assisiben, hogy együtt imádkozzanak a világ békéjéért. II. János Pál pápa vezette át az Egyházat a harmadik évezredbe. 2005. április 2-án, az általa liturgikus nappá tett Isteni Irgalmasság vasárnapjának vigíliáján halt meg. Utóda, XVI. Benedek pápa 2011. május 1-jén avatta boldoggá, és ünnepét október 22. napjára jelölte ki. 2013 júliusában Ferenc pápa aláírta a szentté avatáshoz szükséges dokumentumot, majd 2014. április 27-én, az Isteni Irgalmasság vasárnapján XXIII. János pápával együtt szentté avatta II. János Pál pápát.